Eingabe der Moleküldaten in der stark vereinfachten
SMILES-Schreibweise
und anschließend erzeugen einer MOL-Datei.
Wasserstoffatome werden je nach Valenz automatisch ergänzt.
Verbindung
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SMILES
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Propan
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CCC
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2-Methylpropan
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CC(C)C
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Propan-2-ol
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CCOC
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Propanon
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CC(=O)C
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Ethen
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C=C
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Ethin
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C#C
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Hierzu werden zwei Skript-Varianten zur Verfügung gestellt:
1.1 Bash-Skript für Linux mit OpenBabel
smiles2mol.sh
Hier werden zur Vorbereitung die SMILES Daten vorher für jedes Molekül
in einzelne Dateien mit
der Benennung Molekuelname.smiles gespeichert.
Beispieldateien
Dazu wird die Skriptdatei als smiles2mol.sh z.B. ins
Desktop-Verzeichnis gespeichert.
Auf Debian/Ubuntu basierten Systemen müssen vorher die folgenden
Programmpakete installiert werden:
sudo apt-get install openbabel zenity
Ausgeführt wird das Skript mit:
cd Desktop
chmod +x smiles2mol.sh
./smiles2mol.sh
1.2 Python-Skript für Windows oder Linux mit OpenBabel
smiles2mol.py
Dazu wird die Skriptdatei als smiles2mol.py z.B. ins
Desktop-Verzeichnis gespeichert.
Auf Debian/Ubuntu basierten Systemen müssen vorher die folgenden
Programmpakete installiert werden:
sudo apt-get install python2.7 python-openbabel python-imaging
Die Skriptdatei muss unter Linux zunächst ausführbar gemacht werden:
cd Desktop
chmod +x smiles2mol.py
Das Skript kann unter Linux entweder wie folgt ausgeführt werden, oder mit
Doppelklick > Im Terminal ausführen
./smiles2mol.py
Unter Windows benötigt man
OpenBabel-GUI,
Python und
Python-Openbabel
1.3 Python-Tkinter-Skript für Windows oder Linux mit OpenBabel
smiles2mol.pyw
Dazu wird die Skriptdatei als smiles2mol.pyw z.B. ins
Desktop-Verzeichnis gespeichert.
Auf Debian/Ubuntu basierten Systemen müssen vorher die folgenden
Programmpakete installiert werden:
sudo apt-get install python2.7 python-openbabel python-imaging
Die Skriptdatei muss unter Linux zunächst ausführbar gemacht werden:
cd Desktop
chmod +x smiles2mol.pyw
Das Skript kann unter Linux anschließend einfach mit einem Doppelklick ausgeführt werden.